Sul primo altare dextera intrantibus - antico fondatore e patrono, il Canonico Baccio Giovannini - San Pietro che, durante il suo apostolato in Antiochia di Pisidia, risuscita il figlio di Teofilo Prefetto di Antiochia, morto da quattordici anni, tela cm.350 x 200, eseguita nel 1594, come indicava la lapide sottostante, andata perduta nei restauri del ´700. Autore: Cosimo Gamberucci (Firenze 1562 - ivi 1621), secondo il suggerimento dello stile. Fino a poco tempo fa la pala era creduta, con errore, di Domenico Cresti, detto "il Passignano" (Passignano/Tavarnelle in Val di Pesa/Firenze 1559-Firenze 1638). Soggetto, pure errato: La resurrezione di Tabita, discepola del Santo. Due antichi storici locali, Felice Valentino Mannucci, 1745, e Giovanni Francesco Franceschini, 1760 ca., hanno tramandato che il personaggio all´estrema destra è il ritratto del committente e patrono dell´altare, Baccio Giovannini, Canonico del Duomo di Firenze e appartenente all´Ordine dei Filippini, di cui indossa l'abito. Sul secondo altare dextera intrantibus - antichi patroni, i Tortolini - San Pietro liberato da un Angelo dal carcere di Gerusalemme, dove Re Erode Agrippa I lo aveva rinchiuso per il suo apostolato cristiano, tela cm. 350 x 208, firmata e datata 1584 da Alessandro Allori (Firenze 1535 - ivi 1607). Sull´altar maggiore - committente della pala, Giovanni Battista Bruni - Cristo che da a San Pietro le chiavi del Regno dei Cieli, tela, a centina superiore, cm. 346 x 248, firmata e datata 1827 da Tommaso Gazzarrini (Livorno 1790 - Firenze 1853).
Sull´altare della Cappella a sinistra di quella maggiore - antica fondatrice e patrona, la Confraternita del Suffragio per le anime del Purgatorio, detta anche "delle Anime" - Cristo deposto sdraiato sul grembo della Madonna addolorata, e San Francesco d´Assisi che gli chiede di soccorrere le anime del Purgatorio, tela cm.250 x 164, eseguita nel 1658, secondo lo storico Franceschini, da Onorio Marinari (Firenze 1627 - ivi 1716): il che riceve conferma dall´esame stilistico. Una lapide sotto la mensa dell´altare attesta al 1665 l´erezione di questo, a spese di alcuni benefattori della Confraternita.
Una Confraternita che era stata istituita da poco tempo da Bernardo Catastini, Superiore dei Cappuccini per la Toscana, poi Generale dell´Ordine e Venerabile dopo la morte, il quale era stato incaricato nel 1658 delle prediche quaresimali a Castelfranco: il Santo sarebbe il ritratto di quel Cappuccino. Al disopra delle due aperture ad arco che mettono in comunicazione la Cappella maggiore con le Cappelle ai suoi lati, due grandi affreschi di forma ovale, con figure di Angeli in volo, dipinti da artista ignoto. Al disopra dell´ingresso laterale destro della Chiesa è visibile un grande affresco, in cornice di stucco sagomata, cm.275 ca. x 465 ca., che raffigura San Pietro arrestato dalle guardie neroniane, che stanno per condurlo al martirio. Si tratta di copia anonima della tela dipinta nel 1608-1610 ca. da Giovanni Lanfranco (Parma 1582 - Roma 1647), esposta un tempo a Parigi, Museo di Louvre, oggi a Versailles, Museo National du Chateau. La copia è ridotta e invertita rispetto all'originale; in questo infatti si vedono i Santi Pietro e Paolo condotti al martirio dalle guardie neroniane. La sua aggiunta alle opere d´arte della Chiesa risale ai rifacimenti del 1719-1722; nel 1991-1992 la copia è stata restaurata dalla pittrice empolese Lidia Cinelli. Sul primo altare sinistra intrantibus, già dedicato al Beato Gherardo Buonamici, c´era una pala, firmata e datata 1761 dal pittore Gesualdo Francesco Ferri (San Miniato/Pisa 1728 - ivi 1758) con La Vergine del Carmine che da l'abito e lo scapolare al Beato Gherardo, tra i Santi Antonio Abate, Lorenzo Martire e Jacopo Minore Apostolo, tav. cm.310 x 200, andata distrutta nella Seconda Guerra Mondiale. Per qualche tempo la pala è stata sostituita da altra simile, quasi una copia, dovuta al pittore locale Mario Barbieri. Nel 1996 al posto della copia è stata collocata una pala già sull´altar maggiore della ex-Chiesa locale dei Santi Jacopo e Filippo, annessa a un Convento di Agostiniane. La pala raffigura La Madonna in trono con Gesù Bambino benedicente tra le braccia; ai lati, i Santi Apostoli e Martiri Jacopo Minore e Filippo, tav. cm.210 x 205, che lo stile vuole eseguita da Antonio Ceraiolo (Firenze - ivi 1533) nel 1514-1515 ca.
In un ambiente della Canonica si conservano altre due pale provenienti dalla ex-Chiesa dei Santi Jacopo e Filippo, eseguite, come vogliono la sigla "A.P." e lo stile, da Antonio Puglieschi (Firenze 1660 - ivi 1732) nell´anno 1700 ca.; ogni pala, su tela, misura cm.280 x 190. La pala già sull´altare della ex-Chiesa sinistra intrantibus, raffigura Gesù Cristo seduto su nubi, tra Angeli, che pone la sua corona di spine sulla testa di Santa Gertrude di Helfta; quella già sull´altare opposto raffigura La Madonna in trono con Gesù Bambino tra le braccia, la quale, insieme a lui, porge il "sacro cingolo" a Santa Monica madre di Sant´Agostino; Santi all´intorno, tra cui Santa Gertrude e San Nicola da Tolentino.
In altro ambiente della Canonica si conserva una grande tela con L´Ultima Cena, cm.170 x 550, della quale si ignora l´autore, difficile da stabilire dato il logorìo subìto dalla dipintura. Essa si trovava, fino al 1835 ca., al disopra della porta laterale sinistra della Chiesa, opposta cioè a quella che da sulla Piazza del Comune.
La tela fu tolta e la porta chiusa allorché, tra il 1835 e il 1839, si aggiunse alla Chiesa l´Oratorio di San Michele Arcangelo, dove la tela era collocata. Quando, nel 1767, venne soppressa la Chiesa dei Santi Martino e Barbara in Catiana, tutti i suoi beni mobili furono dati in custodia all´Opera della Collegiata di San Pietro. Tra questi, un dipinto già a tempera su tavola, poi passato su tela, di cm.172 x 175, dovuto al fiorentino Raffaele Botticini (1477 - 1520 ca.), rappresentante La nascita di Gesù Bambino e ai lati, in adorazione, i Santi Martino Vescovo di Tours e Barbara Martire; nello sfondo, in parte architettonico, in parte campestre, il corteo a cavallo dei Re Magi. Fu commesso nel 1512 dal Parroco di quella Chiesa, Mariotto di Giovanni Filippo di Mariotto - forse ritratto nel Santo Vescovo - per l'altar maggiore. Nel 1835 gli Operai dell´Opera della Collegiata di San Pietro trovarono conveniente vendere il quadro ad alcune persone inviate dallo Zar di Russia Nicola I Romanov, con a capo Vincenzo Brioschi, Direttore delle Gallerie dello Zar, perché acquistassero opere d´arte in Italia. E ne fu ricavata una somma molto alta, 3.000 Scudi fiorentini, dato che esisteva una vecchia attribuzione - oltre ad altre varie, tutte errate - a Raffaello Sanzio. Oggi l´opera è a San Pietroburgo, esposta al Museo dell´Ermitage. 13.000 Scudi servirono ai castelfranchesi per l´erezione della Cappella del Santissimo Sacramento.